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微生物肥料是以微生物的生命活動導致作物得到特定肥料效應的一種制品，是農業生產中使用肥料的一種。生物有機肥廠家認為從微生物肥料的功能和組成不同，目前將其分為微生物菌劑、復合微生物肥料和生物有機肥3類。
1、微生物菌劑：是指目標微生物（有效菌）經過工業化生產擴繁后加工制成的活菌制劑，它具有直接或間接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質等作用；應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長、改善農產品品質及農業生態環境。微生物菌劑按內含的微生物種類或功能特性可分為根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑等。
2、復合微生物肥料：是指特定微生物與營養物質復合而成，能提供、保持或改善植物營養，提高農產品產量或改善農產品品質的活體微生物制品。
3、生物有機肥：是指特定功能微生物與主要以動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理、腐熟的有機物料復合而成的一類兼具微生物肥料和有機肥效應的肥料。
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